Kabuto Yakushi es un antagonista de la serie y fue el ex médico personal, mano derecha y asistente de Orochimaru. Si bien apareció en la historia como un subordinado encubierto de Orochimaru, actualmente es un antagonista principal, específicamente para la denominada Armada Shinobi, luego de aliarse con Madara Uchiha. Se desconoce el origen y el pasado de Kabuto, solo siendo conocido que fue el único superviviente de la Batalla del Paso de las Campanillas, quedando huérfano y siendo adoptado por un shinobi medico de Konoha, de quien aprendió su excelente ninjutsu medico. Tampoco se sabe en qué momento de su vida fue reclutado por Sasori para que ejerciera de espía encubierto de Orochimaru, aunque Kabuto eligió seguir su camino al lado del Sannin y ser un espía doble para engañar y acabar con Sasori . Poco a poco, gracias a las dotes medicas de Kabuto y su maquiavélica forma de pensar y actuar, se convirtió en la mano derecha del poseedor del poder de la Serpiente Blanca, siendo su asistente y médico personal.
Bisturi de Chakra (Chakura no Mesu) es una técnica médica que forma con chakra un pequeño y afilado bisturi o escalpelo. Este puede ser usado para incisiones muy precisas necesarias para cirugías y disecciones anatómicas. A diferencia de escalpelos regulares, el bisturí de Chakra en realidad puede hacer cortes en el interior del cuerpo sin crear realmente una herida abierta, lo que limita los riesgos de una infección.
Elemento Tierra: Jutsu de la Ocultación como un Topo (Doton: Moguragakure no Jutsu) es un jutsu en donde el usuario al transmitir su chakra al suelo puede hacer que se convierta en arena fina, permitiendole de esa forma viajar bajo la tierra como si la persona fuera un topo. El usuario puede detectar donde esta su oponente apesar de estar dentro de la tierra, ya que la persona lo localiza atraves de la decteccion de las fuerzas magneticas.
Jutsu de Cuerpo en Llamas es una tecnica que permite al usuario desaparecer en pocos segundo, adiferencia del Jutsu de Cuerpo Parpadeante este jutsu hace que el cuerpo de la persona se vea como si se estuviera quemando por a poco hasta que es consumido por completo. Tras su uso, se debe esperar 4 turnos para volver a usarlo.
El Jutsu de Invocación: Resurreción del Mundo Impuro (Kuchiyose: Edo Tensei) es una variación del Jutsu de Invocación que permite al usuario traer personas muertas de nuevo a la vida, esta técnica fue creado originalmente por Tobirama Senju, luego fue personificado por Orochimaru y por ultimo Kabuto Yakushi ha logrado evolucionarlo en un grado mayor hasta el punto en que él mismo declaro que se puede considerar el jutsu más poderoso del mundo ninja, principalmente porque no hay ningún riesgo. Para poder llevar a cabo la resurrección de la persona muerta es necesario tener en primer lugar su ADN, pero debe ser un cantidad considerable de material genético ya que si no se tiene el suficiente no se puede llevar realizar, otra cosa que se requiere es un sacrificio humano el cual va a servir de recipiente para el alma de la persona que se encuentra en el "Mundo Puro", es decir, el más allá. Desafortunadamente este jutsu no puede revivir a quien no está en dicho mundo, por ejemplo, los cuatro primeros Hokages no pueden ser revividos por está técnica debido a que todos se encuentran sellados dentro del Demonio de la Muerte.
Jutsu del Templo de Nirvana (Nehan Shōja no Jutsu) es un genjutsu en donde el usuario tiene la capacidad de hacer domir a las personas de un gran area en un sueño profundo, desde el punto de vista de las victimas es como si estuviera cayendo del cielo unas plumas pero en realidad es una distraccion para que estos caigan en el efecto de la tecnica. La desventaja es que ninjas experimentados pueden dispersar el genjutsu antes de que caigan dentro de ella.
Palma Recuperadora
Ninjutsu médico, en el cual se acumula chakra en la mano y pasándola por una herida, se acelera el proceso de cicatrización de la misma y parando la hemorragia (sea interna o externa). Se caracteriza por que el chakra que se genera toma un color verde. Esto permite al usuario curar a un paciente sin la necesidad del equipo médico o la cirugía, haciéndolo sumamente útil sobre el campo de batalla.La concentración y el moldeo de chakra en la mano esta en función de la gravedad de la herida. Esto requiere un gran control de chakra.
Jutsu de Muda de Piel Humana
Con esta técnica Kabuto se despoja de su piel humana para entrar en su modo de serpiente después de que ha sido atrapado. Es útil para sorprender a un enemigo que le ha atrapado. Esta técnica es similar a la tecnica de muda de piel de Orochimaru, pero se desconoce si esto vuelve a generar las extremidades. Otra similitud es la forma de serpiente de Kabuto, que es muy similar a la forma verdadera de Orochimaru. 1 vez por pelea y se queda en modo serpiente durante el resto del enfrentamiento.
Usando Jutsu de Control de Muertos (Shikon no Jutsu) una persona puede reanimar temporalmente un cadáver, creando la ilusión de una persona viva, y maniobrar a su antojo el chakra del muerto. Esto se logra haciendo que el corazón lata de nuevo. El cadáver reanimado puede servir ya sea como un aliado de corta duración o un señuelo eficaz. Las huellas de la cirugía también se pueden borrar con el chakra, debido a que no hay diferencia, a primera vista, con una persona viva. Kabuto añade cirugía plástica para ello, modifica la cara del cadáver, y va aún más lejos borrando su olor corporal, por lo que a el olor no lo detectan. Con esto Kabuto puede hacer clones perfectos de si mismos ya que los modifica para que adapten su apariencia y el enemigo cree haber asesinado al verdadero Kabuto. Dura 3 turnos.
Kuchiyose no jutsu- Manda II/ Ninjutsu/ Mejora
Invocacion que consiste en llamar a la sucesora de Manda, Manda II, quien es aun mas larga que su original y es en realidad ella ayudada por una técnica de crecimiento de organos que tiene Kabuto.
Técnica de crecimiento de Organos- Ninjutsu/ Medico/ Aumento de fuerza
Este jutsu consiste en aumentar alguna parte del cuerpo, añadiendo velocidad o fuerza al usuario, pero llegando a un limite donde el usuario debe entrenar muy duro para acostumbrarse. Dura 2 turnos.
